Salvador entrou no século 17 com status de metrópole, para os
padrões da época, como referiram Pison e Marcgraf na obra holandesa Historia
naturalis Brasiliae, 1648. Era uma cidade portuguesa na América. O Porto de Salvador era
bem equipado e o mais movimentado da
América do Sul, embora restrito aos interesses portugueses e espanhóis (até
1640). Recebia embarcações que vinham das Índias, de Portugal, da
Europa e da
África. Especialmente com esta, existia um intenso comércio. A Bahia enviava
principalmente aguardente de cana e fumo de rolo, recebia escravos, em troca.
As coroas de Portugal e da Espanha estavam unidas desde 1580. Desde o final do século 16, a Cidade do Salvador sofria com bombardeios de holandeses e ingleses. Os prédios vistos da Baía foram muito danificados, incluindo a Sé Primacial.
De 1608 a 1612, o Brasil foi novamente dividido em duas partes. O sul, com capital no Rio de Janeiro, e o norte, com capital em Salvador. A experiência não deu certo.
Em 7 de março de 1609, foi instalado o Tribunal da Relação da Bahia (criado em 1587), um tribunal superior com jurisdição em toda a América Lusitana, seu único até 1751, quando foi criada a Relação do Rio de Janeiro. O Tribunal da Bahia é o mais antigo de todo o continente americano.
Em 1614, Antonio Vieira, ainda criança, chegou em Salvador, com a família, vindos de Portugal. Vieira entrou para o Colégio dos Jesuítas na Bahia e ordenou-se, em 1634. Tornou-se um dos mais ilustres pensadores do Império Lusitano.
Em maio de 1624, Salvador foi invadida pelos holandeses. Igrejas foram profanadas e muitos habitantes refugiaram-se em vilas vizinhas, incluindo o Bispo. O Governador foi levado prisioneiro. Cursos d'água foram represados, formando um imenso lago de proteção à retaguarda da Cidade. Desse lago restou apenas o Dique do Tororó.
No ano seguinte, uma armada luso-espanhola, com mais de 50 navios, foi enviada para recuperar Salvador. Os holandeses se renderam em 1º de maio, após mais de 40 dias de batalha.
Em 1630, os holandeses invadiram Pernambuco e posteriormente ocuparam boa parte do Nordeste. Em 1638, os holandeses, comandados por Maurício de Nassau, tentaram nova invasão e chegaram a desembarcar no subúrbio de Salvador. Houve ataques em Santo Antônio Além do Carmo, mas foram novamente derrotados. As forças para expulsar os holandeses do Nordeste concentravam-se de Salvador e eles foram finalmente expulsos, em 1654.
Após a reconquista, em 1625, Salvador tornou-se uma das cidades mais bem fortificadas do mundo. Mais fortes foram construídos, incluindo o de São Pedro e o do Barbalho, para reforçar a proteção dos flancos da Cidade.
Em 1640, Portugal separou-se da Espanha. Uma comitiva com Antônio Vieira foi enviada para dar apoio ao Rei Dom João IV.
Nos anos seguintes, Salvador tornou-se de fundamental importância para o comércio mundial, como atesta Christopher Ebert, Ph.D. pela Columbia University em seu artigo Disembedding Salvador da Bahia from its Hinterland: Economic and Social Aspects of a Proto-global City in Brazil, 1650-1750. Em outro artigo seu (Salvador da Bahia: A South-Atlantic Colonial Crossroads, 1549–1822), Ebert afirma que Salvador é um produto da mobilidade humana. No seu apogeu colonial, era o centro de uma vasta rede caracterizada pela mobilidade de pessoas, produtos e ideias. A Cidade que os portugueses construíram tornou-se, com o tempo, sem rival em importância e magnificência em toda a costa leste da América do Sul, por vários séculos.
Em 1668, houve o naufrágio do Galeão Santíssimo Sacramento, nos baixios do Rio Vermelho. O evento reforçou a necessidade de um farol em Salvador, que foi instalado em 1698, no Forte de Santo Antônio da Barra. Esse foi o primeiro farol da América.
Em 1676, a Diocese de São Salvador da Bahia foi elevada à condição de arquidiocese. Salvador foi a sede da única província eclesiástica do Brasil, até 1892, quando a Diocese do Rio de Janeiro foi elevada à mesma condição.
Em 8 de março de 1694, foi criada a Casa da Moeda do Brasil, em Salvador.
No século 17, Salvador amadureceu seu lado artístico e cultural, com destaque para Gregório de Mattos, Antônio Vieira, Manoel Botelho de Oliveyra e Frei Vicente do Salvador, além de vários artistas sacros. Várias igrejas e conventos foram construídos, incluindo Palma, Desterro, Santa Teresa, Piedade e Santa Bárbara.
Também foram fundadas as ordens terceiras do Carmo e de São Francisco. Essas confrarias católicas, de homens brancos leigos, tinham grande prestígio e suas próprias igrejas, construídas ao lado das igrejas do Clero Regular. Tinham o papel que posteriormente foram também assumidos pela Maçonaria.
No final do século 17, começou a funcionar uma escola de engenharia, a segunda instituição de nível superior na Cidade, depois do Colégio dos Jesuítas, com cursos em Teologia e Artes. A Ribeira das Naus, em Salvador, era uma das maiores indústrias navais do Continente. A Bahia era um grande produtor de aguardente, fumo, gado e açúcar. Salvador estava em grande prosperidade. Era uma bela Cidade, como relatou Dampier. As ruas principais eram largas, calçadas com pedras. Existiam muitos jardins. A Cidade Alta tinha cerca de 2.000 casas, de dois ou três andares, com árvores entre elas, com paredes grossas erguidas com pedras, muitas com varandas. Os comerciantes locais eram ricos.
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