A história
registrada de Salvador começou em 1501, no primeiro ano do
século 16, quando a primeira expedição exploradora às terras descobertas por
Cabral chegaram aqui em 1º de novembro, dia de Todos os Santos. Com esse nome,
batizaram a grande baía que os índios chamavam de Kirimurê. A região era habitada pelos antropófagos tupinambás.
Em 1503, foi estabelecida a primeira colônia portuguesa, em Porto Seguro. Nas primeiras décadas do século 16, era lá o principal centro de exploração de pau-brasil pelos portugueses. Mais: Bahia no Século 16 ►
Em 1504, chegaram os franceses. Por volta de 1509, Caramuru, náufrago provavelmente de um navio francês, estabeleceu-se na área do futuro município e formou a primeira família registrada do Brasil, com a princesa tupinambá Paraguaçu, que foi batizada, em 1528, na Catedral de Saint-Malo, na França. Caramuru e seus amigos franceses foram os primeiros europeus conhecidos a se estabelecerem nas terras da futura capital do Brasil. Teriam, assim, nascido os primeiros caboclos do Recôncavo, descendentes de portugueses, franceses e tupinambás. A prole e os descendentes do fidalgo português Diogo Álvares Correia, patriarca da Nação Brasileira, formaram boa parte da aristocracia brasileira, nos séculos seguintes.
Martim Afonso de Sousa foi recebido por Caramuru, em março de 1531, em sua primeira expedição ao Brasil. Ele retornou em 1534 e participou do casamento das filhas de Caramuru, na Igreja da Vitória, a primeira Igreja construída nas terras do futuro município de Salvador.
Em 5 de abril de 1534, a Capitania da Bahia foi doada a Pereira Coutinho, que estabeleceu uma vila na Barra, em 1536, ano em que chegou. Coutinho doou uma sesmaria a Caramuru, que envolvia a área da Graça, onde ele ergueu uma fortificação e uma capela a pedido de Paraguaçu, em 1536. Anos depois, Coutinho refugiou-se na Capitania de Porto Seguro, devido a conflitos com os tupinambás e acabou morrendo em 1546.
Em 1548, D. João III adquiriu a Capitania da Bahia, dos herdeiros de Coutinho, transformando-a na primeira capitania real do Brasil. Em 17 de dezembro do mesmo ano, D. João III nomeou Thomé de Sousa, o Governador do Brasil, entregou-lhe o Regimento de Almeirim, a primeira constituição do Brasil, que incluía as diretrizes para a construção da Cidade, Cabeça do Brasil (veja quadro abaixo).
Para preparar a chegada do Governador, o Rei enviou uma expedição comandada por Gramatão Telles para a Bahia, em novembro de 1548, tendo ele chegado antes do fim daquele ano.
Thomé de Sousa desembarcou no Porto da Barra, em 29 de março de 1549. A fundação da Cidade do Salvador é comemorada simbolicamente nesse dia, que representa, ao mesmo tempo, a data da fundação do Brasil, como unidade política.
A nau em que veio o Governador chamava-se Salvador, mas, segundo Pedro Calmon (História da Fundação da Bahia, 1949), o nome da Cidade foi dado pelo rei Dom João III. Sua referência já aparece na carta de nomeação de Rodrigo de Arguello, de 15 de janeiro de 1549, para o Officio de Provedor de Minha Fazenda da Fortaleza do Salvador.
O sítio da urbis escolhido tinha localização estratégica. Sua situação geográfica era praticamente perfeita para a nova capital. O arquiteto foi Luís Dias. Ao longo de 1549, a Cidade foi construída na parte alta e o porto, na parte baixa.
Membros da Santa Casa de Misericórdia, chegaram com o Governador e fundaram o primeiro hospital em Salvador. O primeiro hospital do Brasil foi fundado em Porto Seguro por membros da Santa Casa.
Os primeiros jesuítas, chefiados por Manoel da Nóbrega, também chegaram com Thomé de Souza e logo ajudaram na construção da Capela de Nossa Senhora da Conceição da Praia. Depois, os jesuítas construíram a Igreja da Ajuda, a primeira dentro dos muros da Cidade. Posteriormente, Nóbrega fundou a primeira escola do Brasil. Em abril de 1549, Nóbrega ouviu os primeiros relatos da lenda de São Tomé, o apóstolo que teria vindo à Bahia (nas primeiras décadas do século 16, muitos ainda achavam ser o Brasil parte das Índias, onde o Apóstolo pregou).
Em 1º de junho, Garcia d'Ávila foi nomeado almoxarife da Cidade do Salvador e da Alfândega. Em 1551, ele iniciou a construção da Casa da Torre, um dos principais marcos da colonização da Bahia e do Nordeste.
No segundo semestre de 1549, chegou o padre Manoel Lourenço, representante do Clero Secular. Manoel Lourenço fora nomeado vigário de Salvador por alvará de D. João III, de 18 de fevereiro daquele ano. A primeira sede do Clero Secular na Bahia foi a Igreja da Ajuda.
Em 25 de fevereiro de 1551, foi criada a Diocese de São Salvador da Bahia. Por causa do nome da Diocese, dada pelo Papa Júlio III, a Cidade do Salvador foi frequentemente citada como sendo "São Salvador da Bahia", até as primeiras décadas do século 20. O primeiro bispo do Brasil, Dom Pero Fernandes Sardinha, chegou no ano seguinte. A Igreja da Ajuda serviu provisoriamente como catedral.
Com Thomé de Sousa também começou a indústria naval na Bahia.
Em 1553, Duarte da Costa substituiu Thomé de Sousa. Com o novo Governador chegou o noviço José de Anchieta e outros seis jesuítas. Nesse ano, o templo da Sé Primacial do Brasil começou a ser construído.
Também, em 1553, Manoel da Nóbrega fundou o Colégio da Bahia, uma instituição com curso de nível superior, em Teologia. Em 1573 o Colégio formou os primeiros bacharéis em Artes do Brasil. Em 1578, concedeu os primeiros graus de mestre em Artes.
Em 1556, o Bispo renunciou ao cargo, o navio em que retornava naufragou no litoral de Alagoas e ele foi devorado pelos caetés. Em 1558, Dom Pedro Leitão assumiu como novo Bispo.
Em 1558, Mem de Sá substituiu Duarte da Costa. Em 2 de março de 1572, Mem de Sá faleceu na Bahia e foi sepultado na Igreja do Colégio dos Jesuítas, atual Catedral. A lápide de seu túmulo continua lá e pode ser visitada. Ainda em 1572, O Brasil foi dividido em duas partes. O norte, com capital em Salvador, e o sul, com capital no Rio de Janeiro. A experiência não deu certo, e a América Lusitana foi reunificada seis anos depois, em 1578.
Em 1566, José de Anchieta foi ordenado sacerdote em Salvador. De 1577 a 1585, ele ocupou o cargo de Provincial da Companhia de Jesus no Brasil, que tinha sede em Salvador.
Em 1580, houve a União Ibérica, mas o Brasil continuou a ser governado pelos portugueses, através de um vice-rei, que governava Portugal.
Em 1582, foi fundado o Mosteiro de São Bento. Em 1586, a Ordem dos Carmelitas Calçados estabeleceu-se no Monte Calvário (atual Alto do Carmo). Em 1587, chegaram os franciscanos e começaram a construir a Igreja de São Francisco, no mesmo ano. O Frei Vicente do Salvador, o primeiro brasileiro a escrever um livro da História do Brasil, nasceu em Salvador e entrou para a Ordem no final do século 16. Pelo menos 23 igrejas foram fundadas no município de Salvador, ao longo do século 16.
Salvador, a Cidade de Jesus Cristo, tornou-se, já no século 16, uma cidade senhorial bem fortificada, adornada com igrejas e muitos navios em seu litoral. No final do século 16, começaram as tentativas de invasão de Salvador por ingleses, franceses e holandeses. Os muitos bombardeios danificaram bastante os prédios da Cidade.
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